Use of strips of rapid diagnostic tests as a source of ribonucleic acid for genomic surveillance of viruses: an example of SARS-CoV-2. Utilisation de bandelettes de tests de diagnostic rapide comme source d’acide ribonucléique pour la surveillance génomique des virus : un exemple du SARS-CoV-2

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Keita, Alpha Kabiné | Mbaye, Aminata | Soumah, Abdoul, Karim | Kadio, Kadio Jean-Jacques Olivier | Diallo, Haby | Gnimadi, Thibaut Armel Cherif | Koivogui, Joel, Balla | Povogui, Moriba, Kowa | Monemou, Jean, Louis | Traore, Baba | Vidal, Nicole | Guichet, Emilande | Ayouba, Ahidjo | Delaporte, Eric | Peeters, Martine | Touré, Abdoulaye | Keita, Alpha Kabinet

Edité par CCSD ; BioMed Central -

International audience. BackgroundThis study aimed to demonstrate that the genomic material of SARS-CoV-2 can be isolated from strips of COVID-19 rapid diagnostic test cassettes.MethodIt was a prospective cross-sectional study involving patients admitted to treatment centers and sampling sites in the city of Conakry, Guinea. A total of 121 patients were double sampled, and 9 more patients were tested only for RDT. PCR was conducted according to the protocol of the RunMei kit. Sequencing was performed by using the illumina COVIDSeq protocol. Nine COVID-19 RDTs without nasopharyngeal swabs were in addition tested.ResultAmong the 130 COVID-19 RDTs, forty-seven were macroscopically positive, whereas seventy-two were positive according to PCR using RDT strip, while among the 121 VTM swabs, sixty-four were positive. Among eighty-three negative COVID-19 RDTs, twenty-seven were positive by PCR using RDT strip with a geometric mean Ct value of 32.49 cycles. Compared to those of PCR using VTM, the sensitivity and specificity of PCR using RDT strip were estimated to be 100% and 85.96%, respectively, with 93.39% test accuracy. Among the fifteen COVID-19 RDT extracts eligible for sequencing, eleven had sequences identical to those obtained via the standard method, with coverage between 75 and 99.6%.ConclusionThese results show that COVID-19 RDTs can be used as biological material for the genomic surveillance of SARS-CoV-2. . Arrière-planCette étude visait à démontrer que le matériel génomique du SRAS-CoV-2 peut être isolé à partir de bandelettes de cassettes de test de diagnostic rapide COVID-19.MéthodeIl s’agissait d’une étude transversale prospective portant sur des patients admis dans des centres de traitement et des sites d’échantillonnage dans la ville de Conakry, en Guinée. Au total, 121 patients ont fait l’objet d’un double échantillonnage, et 9 autres patients ont été testés uniquement pour le TDR. La PCR a été réalisée selon le protocole du kit RunMei. Le séquençage a été effectué à l’aide du protocole COVIDSeq d’illumina. Neuf TDR COVID-19 sans écouvillonnage nasopharyngé ont également été testés.RésultatParmi les 130 TDR COVID-19, quarante-sept étaient macroscopiquement positifs, tandis que soixante-douze étaient positifs selon la PCR utilisant une bandelette de TDR, tandis que parmi les 121 écouvillons VTM, soixante-quatre étaient positifs. Sur quatre-vingt-trois TDR COVID-19 négatifs, vingt-sept étaient positifs par PCR à l’aide d’une bandelette de TDR avec une valeur Ct moyenne géométrique de 32,49 cycles. Par rapport à celles de la PCR utilisant VTM, la sensibilité et la spécificité de la PCR utilisant la bandelette RDT ont été estimées à 100 % et 85,96 %, respectivement, avec une précision de test de 93,39 %. Parmi les quinze extraits de TDR COVID-19 éligibles au séquençage, onze présentaient des séquences identiques à celles obtenues par la méthode standard, avec une couverture comprise entre 75 et 99,6 %.ConclusionCes résultats montrent que les TDR COVID-19 peuvent être utilisés comme matériel biologique pour la surveillance génomique du SARS-CoV-2.

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