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Genetic Diversity and Spatiotemporal Distribution of SARS-CoV-2 Variants in Guinea: A Meta-Analysis of Sequence Data (2020–2023)
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International audience. In Guinea, genomic surveillance has been established to generate sequences of and to identify locally circulating SARS-CoV-2 variants. This study aims to describe the distributions, genetic diversity, and origins of SARS-CoV-2 lineages circulating in Guinea during the COVID-19 pandemic. A migration analysis was performed by selecting all sequences generated in Guinea for variants of concern and interest. From March 2020 to December 2023, 1038 sequences were generated in Guinea and submitted to the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) database. Of these, 73.1% corresponded to SARS-CoV-2 variants of concern, which were further grouped into Omicron (69.4%), Delta (21.9%), Alpha (6.6%), and Eta (2.1%). Other variants accounted for 26.9% of the total. Among the total variants analyzed, 75 importations into Guinea from various countries worldwide were identified. Most of the importations (40%) originated from African countries, followed in significance by those from European countries (25.3%) and Asia (18.6%). A significant migratory flow was observed within Guinea. The genomic surveillance reported in this study revealed the diversity of SARS-CoV-2 variants circulating in Guinea, emphasizing the importance of large-scale sequencing analyses in understanding the dynamics of the pandemic. . En Guinée, une surveillance génomique a été mise en place pour générer des séquences et identifier les variantes du SARS-CoV-2 circulant localement. Cette étude vise à décrire les distributions, la diversité génétique et les origines des lignées de SARS-CoV-2 circulant en Guinée pendant la pandémie de COVID-19. Une analyse de migration a été réalisée en sélectionnant toutes les séquences générées en Guinée pour les variants préoccupants et intéressants. De mars 2020 à décembre 2023, 1038 séquences ont été générées en Guinée et soumises à la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Parmi ces séquences, 73,1 % correspondaient à des variants SARS-CoV-2 préoccupants, qui ont été regroupés en Omicron (69,4 %), Delta (21,9 %), Alpha (6,6 %) et Eta (2,1 %). Les autres variantes représentaient 26,9 % du total. Parmi l'ensemble des variantes analysées, 75 importations en Guinée en provenance de différents pays du monde ont été identifiées. La plupart des importations (40%) provenaient de pays africains, suivis par les pays européens (25,3%) et l'Asie (18,6%). Un flux migratoire important a été observé à l'intérieur de la Guinée. La surveillance génomique rapportée dans cette étude a révélé la diversité des variantes du SARS-CoV-2 circulant en Guinée, soulignant l'importance des analyses de séquençage à grande échelle pour comprendre la dynamique de la pandémie.
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