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PathoGaz - Dénombrement des entérocoques dans les MAFORs. PathoGaz - Dénombrement des entérocoques dans les MAFORs: Comparaison de méthodes de dénombrement des entérocoques dans différents types de matières fertilisantes d'origine résiduaire (MAFOR)
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Edité par CCSD -
L’analyse des matières fertilisantes d’origine résiduaire (Mafors) est couramment réalisée par la méthode Slanetz / BEA qui s’appuie sur la norme NF EN ISO 7899-2 (T 90-416). Celle-ci consiste en un ensemencement sur le milieu de Slanetz et Bartley et en un repiquage des colonies sur le milieu Bile esculine azide agar (BEA) pour confirmation. Or, il est possible que cette technique conduise à une surestimation du dénombrement des entérocoques, lorsqu’elle est utilisée sur les Mafors.Cette étude a pour objectif de comparer la méthode Slanetz / BEA à d’autres méthodes disponibles sur le marché. Elle a consisté à comparer sur des lisiers et des digestats la sélectivité de la méthode Slanetz / BEA à celle du milieu Compass Enterococcus Agar. Puis dans un second temps, la sélectivité de la méthode Slanetz / BEA a été comparée sur 21 Mafors (des lisiers, des fumiers, des fientes, des digestats, des composts, des engrais organiques et un terreau) à la méthode "BEA direct" (BEAd) proposée par le Laboratoire Départemental d’Analyses et de Recherche (LDAR) du Conseil départemental de l’Aisne. Les colonies présentes sur les milieux de culture, qu’elles soient caractéristiques ou non caractéristiques des entérocoques (selon les indications du fabricant), ont été conservées et identifiées par la technique MALDI-TOF.Le milieu Compass Enterococcus Agar, testé sur des effluents d’élevage, s’est avéré moins sélectif que la méthode Slanetz / BEA. La proportion de faux négatifs est plus élevée sur le milieu BEA, après repiquage des colonies sur le milieu de Slanetz (BEAsl) que sur le milieu ensemencé directement avec les Mafors (BEAd). Inversement, la proportion de faux positifs est plus faible sur le milieu BEAsl que sur le milieu BEAd, révélant que la méthode BEA direct est moins sélective que la méthode Slanetz / BEA. La présence de faux positifs dépend également de la matrice, la plus forte proportion de faux positifs (BEAsl et BEAd) et de faux négatifs (BEAsl) est obtenue sur les composts et l’engrais organique. La principale difficulté rencontrée est associée à la prise en compte de petites colonies non caractéristiques qui sont retrouvées sur les milieux BEAd et BEAsl. La méthode BEA direct, plus simple à mettre en œuvre et moins onéreuse (un seul milieu) est moins sélective que la méthode Slanetz / BEA, notamment pour les composts. Néanmoins, cette dernière pose aussi des problèmes d’interprétation dans la mesure où certaines colonies d’entérocoques sont considérées à tort comme des colonies non caractéristiques.La méthode BEA direct et la méthode Slanetz / BEA étant susceptibles de conduire respectivement à une surestimation et à une sous-estimation du nombre d’entérocoques, notamment pour les composts, il est difficile de recommander l’une des deux méthodes pour le dénombrement des entérocoques dans les Mafors. De plus, il faut être prudent sur la définition des entérocoques intestinaux, notamment pour les composts ou les engrais organiques, matrices dans lesquelles sont également identifiés des entérocoques dont l’origine fécale est incertaine.
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