Epidemiological hypothesis testing using a phylogeographic and phylodynamic framework
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Computational analyses of pathogen genomes are increasingly used to unravel the dispersal history and transmission dynamics of epidemics. Here, we show how to go beyond historical reconstruct...
Markov-Modulated Continuous-Time Markov Chains to Identify Site- and Branch-Specific Evolutionary Variation in BEAST
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Efficient Bayesian inference of general Gaussian models on large phylogenetic trees
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