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Séquençage à haut débit dans les lymphomes diffus à grandes cellules : de la biopsie ganglionnaire à la biopsie « liquide » ?
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Edité par CCSD -
International audience. IntroductionLes techniques de Next generation sequencing (NGS) ont permis d’identifier des mutations récurrentes et fréquentes dans les lymphomes diffus à grandes cellules de phénotype B (LDGCB) touchant des gènes impliqués dans des voies biologiques fondamentales telles que la signalisation du BCR (CD79A/CD79B), la voie NF-B (CARD11), la voie des Toll-like récepteurs (MYD88), l’immunité (CD58, TNFSRF14, B2M), le cycle cellulaire (TP53, BCL2) ou la régulation épigénétique (EZH2,CREBBP, MLL2) . Dans les tumeurs solides, l’ADN libre circulant contenu dans le plasma (ADNp), libéré par les cellules tumorales apoptotiques ou nécrotiques est considéré comme un biomarqueur reflétant les caractéristiques génétiques de la tumeur primitive et, de ce fait, à l’origine du concept de « biopsie liquide ». La pertinence clinique et biologique de l’ADNp et la validité de ce concept dans les LDGCB ne sont en revanche pas connues.Matériels et méthodes12 cas de LDGCB (6 sous-types GCB, 5 ABC, 1 non classé, stade I = 3 ; stade III =5 ; stade IV = 4, aucune atteinte médullaire) non préalablement traités pour lesquels de l’ADN extrait d’une biopsie tumorale ganglionnaire (ADNg) et de l’ADN extrait de plasma étaient disponibles ont été inclus. Un lymphopanel permettant le séquençage de 34 gènes a été établi, certains gènes pouvant faire l’objet d’une thérapie ciblée. Après PCR multiplexe générant 872 amplicons, le séquençage de l’ADNg a été réalisé par PGM ® (Life technologies). Afin d’améliorer la sensibilité du séquençage de l’ADNp (10 ng), les variants nucléotidiques (SNV) identifiés dans la tumeur ont été recherchés en ciblant spécifiquement les amplicons d’intérêt. RésultatsDes profils mutationnels caractéristiques touchant les gènes MYD88, CD79A/B, PIM1, PRDM1, CARD11 et IRF4 ou les gènes EZH2, BCL2, GNA13 et TNFSRF14 ont été observés respectivement dans les LDGCB-ABC et les LDGCB-GCB. Le nombre moyen de reads (profondeur) ciblant les régions mutées était de 241 pour l’ADNg (range 23-741) et de 5987 (6-22 541) pour l’ADNp (soit une profondeur 24 fois supérieure). Dans 11/12 cas, le profil mutationnel observé dans l’ADNg était détectable dans l’ADNp. La fréquence allélique des variants (VAF) était en moyenne de 35% (17-64%) dans l’ADNg et de 11% dans l’ADNp correspondant (2-89%). Les LDGCB de faible masse tumorale (stade I, taux de LDH normaux) ont les VAF et les concentrations d’ADNp les plus faibles. En revanche, les LDGCB ayant les VAF les plus élevées dans l’ADNp sont de stade III / IV. De plus dans ces derniers cas, la distribution sous-clonale des SNV observée dans la tumeur est conservée dans l’ADNp.ConclusionNotre étude valide la faisabilité et la pertinence d’une analyse par NGS de l’ADNp, confirmant le concept de « biopsie liquide » dans les LDGCB. Une étude prospective est en cours pour confirmer ces résultats et utiliser le séquençage de l’ADNp pour le choix d’une thérapie ciblée ou le suivi de la maladie résiduelle.
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