0 avis
Spatial modelling of plant diversity from high-throughput environmental dna sequence data
Archive ouverte
Edité par CCSD -
National audience. This paper considers a statistical modelling approach to investigate spatial cross-correlations between species in an ecosystem. A special feature is the origin of the data from high-troughput environmental DNA sequencing of soil samples. Here we use data collected at the Nourague CNRS Field Station in French Guiana. We describe bivariate spatial relationships in these data by a separable linear model of coregionalisation and estimate a cross-correlation parameter. Based on this estimate, we visualise plant taxa co-occurrence pattern in form of 'interaction graphs' which can be interpreted in terms of ecological interactions. Limitations of this approach are discussed along with possible alternatives. . Cet article présente une approche statistique pour modéliser les corrélations spatiales entre espèces dans un écosystème. L'originalité réside dans la particularité des données, génerées par des séquençages à haut-débit de l'ADN environnemental d' echantillons de sol. Les données utilisées dans cet étude étaient recueillies à la station biologique CNRS des Nouragues, en Guyane Française. L' étude décrit les relations spatiales bivariées de ces données par un modèle linéaire de co-régionalisation séparable où l'on estime un paramètre de cross-corrélation. Sur la base de cette estimation, nous visualisons le modèle de co-occurrences sous forme de graphes d'interactions. Les limites de cette approche sont discutées ainsi que les alternatives possibles.
Consulter en ligne
Suggestions
Du même auteur
