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Reconstruction phylodynamique de l’histoire du topotype O/EA-3 du virus de la fièvre aphteuse en Afrique (1974-2019)
Archive ouverte
Edité par CCSD -
International audience. La fièvre aphteuse (FA) impacte l’industrie du bétail et l’équilibre socio-économique de nombreux pays Africains et le succès des programmes de contrôle de cette maladie dans les pays affectés dépend largement de la compréhension des dynamiques de diffusion du virus de la FA. A la lumière des foyers récents dans la région du Maghreb et de l’Afrique de l’Ouest en 2018 et 2019, nous avons entrepris de reconstruire l’histoire épidémiologique évolutive de la souche virale de FA appartenant au sérotype O et au topotype East-Africa 3 topotype (O/EA-3). Bien que de nombreuses publications aient précédemment décrit la distribution de sérotypes et génotypes de la FA dans des pays ou sous-régions d’Afrique, nous nous sommes intéressés ici à la diffusion du topotype O/EA-3 à l’échelle inter-régionale prenant en compte l’Est, la région du Centre, l’Ouest, le Maghreb et le Moyen-Orient. Nous avons analysé au total 545 échantillons collectés dans 25 pays d’Afrique et du Moyen-Orient entre 1974 et 2019, tous identifiés par le séquençage de leur région génomique VP1 comme appartenant au topotype O/EA-3. Notre étude inclut pour la première fois les séquences VP1 de souches virales des foyers de FA apparus entre 2016 et 2018 en Egypte ainsi qu’en 2018 et 2019 en Afrique de l’Ouest et au Maghreb. Un modèle d’évolution bayésienne nous a permis d’inférer des arbres phylogénétiques et les évènements de migrations transrégionales à l’échelle semi-continentale. Cette reconstruction a mis en évidence le rôle de la région Afrique de l’Est comme la source principale de diffusion de la fièvre aphteuse avec deux clades principaux issus de cette région. Dans l’un des clades, le virus s’est propagé vers le Nord-Est de l’Afrique (Egypte et Moyen-Orient) et dans l’autre vers l’Afrique Centrale puis de l’Ouest et du Maghreb. Une analyse complémentaire des génomes complets de souches d’Afrique de l’Ouest et du Maghreb isolés en 2018-2019 nous permet de décrire ici les liens de migration entre ces deux régions pour la récente propagation du topotype O/EA-3. Cette étude souligne que le contrôle de la FA en Afrique nécessite une surveillance épidémiologique et des campagnes de vaccination coordonnées non pas à une échelle nationale mais selon une stratégie inter-régionale pour prévenir la propagation continentale de la fièvre aphteuse.
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