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Genome-wide association studies reveal genomic regions and positional candidate genes for fat deposition in chickens. Des études d'association à l'échelle du génome révèlent des régions génomiques et des gènes candidats positionnels pour le dépôt de graisse chez les poulets
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Edité par CCSD -
Excess of fat deposition is a negative factor for poultry production, which affects feed efficiency and consequently the costs of meat production. The incorporation of genomic tools in poultry breeding programs may help to accelerate the selection for increased production efficiency. In this context, we genotyped approximately 2,000 42 days-old chickens from two different populations (Brazilian F2 Chicken Resource population and TT broiler Reference Population) using a high-density SNP array (600K, Affymetrix) to estimate genomic heritability of fatness-related traits, to identify genomic regions and positional candidate genes (PCGs) associated with these traits. We performed genome-wide association (GWAS) analysis using GenSel software (Bayesian approach) to identify 1 Mb genomic windows associated with abdominal fat, skin and carcass fat content traits. The search for PCGs were made within each genomic windows associated considering their Gene Ontology (GO) terms and also the literature information. We also integrated into this study NGS-SNPs data from both populations and selection signature regions identified in Brazilian F2 Chicken Resource population to refine the list of PCGs. The genomic heritability values for fatness-related traits were from moderate to high (greater than 0.30). We identified quantitative trait loci (QTL) for abdominal fat, skin and carcass fat content traits harboring several PCGs involved in biological processes of fat deposition. We identified several NGS-SNPs annotated in potential functional regions in our PCGs and some of those were predicted as deleterious and high impact mutations. Besides that, some genes overlapped with selection signature regions in Brazilian F2 Chicken Resource population. Important candidate genes for fat deposition were identified, providing new insights to achieve a better understanding of the genetic control of fat deposition in chickens. . L'excès de dépôt de graisse est un facteur négatif pour la production de volaille, qui affecte l'efficacité alimentaire et par conséquent les coûts de production de viande. L'incorporation d'outils génomiques dans les programmes de sélection de volailles peut aider à accélérer la sélection pour une efficacité de production accrue. Dans ce contexte, nous avons génotypé environ 2 000 poulets de 42 jours de deux populations différentes (population de ressources de poulets F2 brésiliens et population de référence de poulets de chair TT) en utilisant une matrice SNP haute densité (600K, Affymetrix) pour estimer l'héritabilité génomique des caractères liés à l'adiposité, pour identifier les régions génomiques et les gènes candidats positionnels (PCG) associés à ces caractères. Nous avons effectué une analyse d'association pangénomique (GWAS) à l'aide du logiciel GenSel (approche bayésienne) pour identifier les fenêtres génomiques de 1 Mb associées aux caractères de teneur en graisse abdominale, en peau et en graisse de carcasse. La recherche de PCG a été effectuée dans chaque fenêtre génomique associée en tenant compte de leurs termes d'ontologie génétique (GO) et également des informations de la littérature. Nous avons également intégré dans cette étude les données NGS-SNP des populations et des régions de signature de sélection identifiées dans la population brésilienne F2 Chicken Resource pour affiner la liste des PCG. Les valeurs d'héritabilité génomique pour les caractères liés à l'embonpoint étaient de modérées à élevées (supérieures à 0,30). Nous avons identifié des locus de caractères quantitatifs (QTL) pour les caractères de teneur en graisse abdominale, en peau et en graisse de carcasse abritant plusieurs PCG impliqués dans les processus biologiques de dépôt de graisse. Nous avons identifié plusieurs NGS-SNP annotés dans des régions fonctionnelles potentielles de nos PCG et certains d'entre eux ont été prédits comme des mutations délétères et à fort impact. En outre, certains gènes chevauchaient les régions de signature de sélection dans la population brésilienne F2 Chicken Resource. Des gènes candidats importants pour le dépôt de graisse ont été identifiés, fournissant de nouvelles perspectives pour parvenir à une meilleure compréhension du contrôle génétique du dépôt de graisse chez les poulets.
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