0 avis
Parce que le continu est différent du discret : l’écologie du micro n’est pas celle du macro !. Parce que le continu est différent du discret : l’écologie du micro n’est pas celle du macro !: Session 23 : Les concepts d’écologie sont ils appropriés au monde microbien ?
Archive ouverte
Edité par CCSD -
National audience. Deux très anciens paradigmes définissent les organismes et leur écologie. Chaque organisme est déterminé par son unicité et par sa spécificité. Par exemple, un chêne ou une souris. Même si parfois, la définition de l’espèce fait débat, les choses sont évidentes. Pour le monde bactérien, les mêmes paradigmes ont été et sont utilisés. A l’aube de la microbiologie cette démarche était logique et correspondait aux observations: un isolat égale une espèce et une colonie une population. Ainsi, s’est construite la microbiologie sans trop de problème car les microbes issus de clones, isolés, autistes, sans aucune interaction trophique correspondaient assez bien aux critères d’unicité et de spécificité. L’arrivée des outils moléculaires, des outils d’imagerie, de l’écologie microbienne et des meta-omics n’ont rien osé bouleverser et pourtant il y a de larges fissures... Le séquençage, notamment de l’ADNr 16S, montre qu’il n’y a aucune évidence moléculaire aux espèces microbiennes, alors on fixe des pourcentages de similarité arbitraires qui deviennent des règles. Le méta-séquençage montre que les génomes sont des puzzles. Pour sauver le concept d’espèce, on définit un core-génome à partir d’un ensemble d’isolats phénotypiques de l’espèce (du core phénotype)… c’est encore une construction dont les limites sont fixées a priori. D’autre part, coté unicité, peut-on avoir une vision simple entre la cellule (individu) et la colonie (population) où les différentes cellules telles des organismes sont différenciées ? Peut-on à l’échelle d’une cellule bactérienne définir ses bornes (l’intérieur l’extérieur), entre la matrice extra-cellulaire et les enzymes extra-cellulaires, partagés ou pas au sein de la population, de la communauté? En bref, pour les macro-organismes l’entité est évidente, pour les micro-organismes l’entité, sans réalité, n’est définie que par les outils d’analyse utilisés. Sur ce constat, l’objectif de ce résumé est de faire part aux écologues de l’impossible transposition des concepts et aussi de bousculer les dogmes et de provoquer la réflexion. Il est probablement vain de chercher à conserver ces anciens paradigmes. Doit-on les conserver car l’on n’ose pas les changer. Mais par quoi les remplacer ? Il est urgent de penser à de nouveaux concepts. Les méta-omics vont produire des quantités d’informations qu’il faudra analyser avec le grain le plus pertinent. Quelle réalité derrière les mots d’écosystème microbien, de communautés microbiennes et de biofilms. Les interactions sont mesurables mais qui avec qui ? Quel est le niveau d’intégration le plus pertinent ? Changement d’échelle, de où à où ?
Consulter en ligne
Suggestions
Du même auteur
