Implantation of ileal and cecal microbiota in Anas platyrhynchos (Pékin), Cairina moschata (Muscovy) and mule ducklings using Miseq sequencing.. Implantation du microbiote intestinal dans l'iléon et les ceca des canetons Barbarie, Pékin et Mulard par séquençage miseQ

Archive ouverte

Rey, Mickael | Ricaud, Karine | Bernadet, Marie-Dominique, M.-D. | Pascal, Géraldine | Combes, Sylvie | Cauquil, Laurent | Bouchez, Olivier, O. | Davail, Stephane

Edité par CCSD ; ITAVI - Institut Technique de l'Aviculture -

National audience. Microbiota plays an essential role in host health. To access the implantation of microbiota in Pekin, Muscovy and mule ducklings, the ileum and ceca digestive contents of five animal by genetic type and days of growth (Day 2, 3, 5, 12, 15, 30, 36, 50 and 65) were studied. These analyses were performed by using Miseq sequencing of the gene coding for the 16S rRNA. Firmicutes, Proteobacteria and Bacteroides are the most dominant phyla in the different samples independently of genetic type. A sequential implantation is detected in both ileal and cecal digestive contents according to age and the type of food at the phyla level. Finally, a genetic effect was detected regarding Firmicutes phylum only in ileum. . Chez les êtres vivants, le microbiote intestinal joue un rôle essentiel et s’implante au cours de la croissance. Chez le canard, cette implantation est peu connue. Il a donc été étudié l'implantation du microbiote dans l'iléon et les caeca chez deux types génétiques parentaux Anas platyrhynchos (Pékin) et Cairina moschata (Barbarie) et leur hybride stérile, le canard mulard. Cette étude a été réalisée pendant les phases de démarrage, de croissance et finition. Les contenu digestifs de 5 canetons par type génétique ont été prélevé post-mortem les jours 2, 3, 5, 12, 15, 30, 36, 50 et 60. Les analyses ont été réalisées par séquençage Miseq sur le gène codant l'ARN 16S. Il a été démontré que les phyla Firmicutes, Proteobacteria et Bacteroidetes sont majoritaires dans l’iléon et les caeca chez le caneton en croissance. L’implantation du microbiote est séquentielle au niveau des deux segments intestinaux étudiés et évolue avec l’âge au niveau des phyla bactérien mais aussi en fonction de l’alimentation. De plus, un effet génétique a été observé dans l’implantation des Firmicutes, uniquement dans l’iléon.

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