0 avis
Utilisation des NGS pour la caractérisation génétique de lignées de poulet de chair et poules de ponte
Archive ouverte
Session : Génétique, sélection et reproduction SIGENAE Plateforme GenoToul
Session : Génétique, sélection et reproduction SIGENAE Plateforme GenoToul.
Les nouvelles technologies de séquençage appelées " NGS " offrent aujourd'hui la possibilité d'analyser les génomes dans leur intégralité. Dans ce contexte nouveau, cette étude vise à caractériser à l'échelle du génome les polymorphismes de lignées expérimentales INRA de poulets de chair et poules de ponte, divergentes respectivement pour le poids de gras abdominal (G/M) ou l'efficacité alimentaire résiduelle (R+/R-). Les génomes d'une quinzaine d'individus par lignée ont été séquencés soit en pool (R+/R-) soit individuellement (G/M) avec une profondeur de 19X sur un HiSeq 2000. Dans un premier temps, nous présentons quelques statistiques concernant les 11 Millions de SNP identifiés sur l'ensemble de ces lignées. Par ailleurs, 386 177 et 510 577 SNP discriminant respectivement les individus R+ des R- et les individus G des M ont été identifiés dont 1,5% sont localisés dans des gènes et sont susceptibles d'avoir un impact fonctionnel. L'étude fine des fonctions des gènes associés conduit à de nouvelles pistes d'étude sur les causes de la divergence entre lignées. Enfin, ces approches nous ont permis d'identifier une mutation a priori fonctionnelle dans un gène candidat pour un QTL affectant le gras abdominal.
Consulter en ligne
Suggestions
Du même auteur
