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Avitombusviridae : une nouvelle sous-famille virale chez les oiseaux ?
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Edité par CCSD -
International audience. Une surveillance de l’avifaune sauvage par métagénomique RNAseq a été réalisée après un épisode de mortalité des merles noirs (Turdus merula) négatifs pour les virus Usutu et West Nile, afin d’identifier des séquences virales. Dans un échantillon de foie, trois séquences (B, C et Z) de 4,7 kb présentant une organisation génomique similaire : trois cadres de lecture (ORFs) potentiels et un décalage (frameshift) des ORFs deux et trois, ont été identifiées. Les ORFs principaux (1524 à 1590 nucléotides) présentent une homologie avec des ARN polymérases (RdRp) virales de la famille des Tombusviridae ; les identités en acide aminés n’excèdentcependant pas 70 %. Les Tombusviridae, décrits par l’ICTV, sont des virus spécifiques de plantes. Pourtant, de nombreuses séquences Tombusviridae-like ont été retrouvées dans des données d’approches métagénomiques sur divers prélèvements vertébrés et invertébrés, suggérant que la spécificité d’hôtes des Tombusviridae pourrait s’étendre au règne animal. Grâce à l’outil Serratus.io, qui recense dans les données SRA les motifs Palm-Id spécifiques des RdRp, nous avons recherché les Palm-Id similaires à ceux de B, C et Z. Les SRA d’intérêt (homologie des PalmId > 86 %) ont été récupérés, les jeux de données assemblés (Spades) et les séquences homologues à nos séquences identifiées par BlastP. Le 30/09/2022, 34 jeux de données ont été analysés et 97 séquences similaires à B, C ou Z provenant de multiples hôtes identifiées, dont 62 proviennent d’échantillons cloacaux d’oiseaux. La phylogénie des RdRp obtenues montre un clade, regroupant 50 séquences (dont B, C et Z) issues de prélèvements aviaires, distinct du clade des Tombusviridae d’origine végétale. Ces données suggèrent d’élargir le spectre des hôtes connus des Tombusviridae aux vertébrés, et particulièrement aux oiseaux. Ces résultats devront être consolidés, afin de distinguer notamment les séquences d’origine alimentaire probable (plantes, invertébrés) de celles spécifiques de la classe Aves.
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