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Approche combinée d’analyses de séries temporelles et génomiques : exemple de la détection d’une augmentation de la présence de Salmonella Goldcoast en filière avicole

Archive ouverte

Vignaud, Marie-Léone | Noël, Véronique | Saussac, Mathilde | Pardos de la Gandara, Maria | Amat, Jean-Phillippe | Moury, Frédérique | Leclerc, Vincent | Leblanc, Jean-Charles | Lailler, Renaud | Danan, Corinne

Edité par CCSD ; ANSES -

International audience. Les salmonelles, bactéries ubiquitaires, représentent la deuxième cause la plus fréquente de toxi-infections alimentaires bactériennes en France et en Europe. Dans ce contexte, l’Anses exerce une activité de surveillance de la chaîne alimentaire via le réseau Salmonella qui centralise, depuis plus de vingt ans, des résultats de sérotypage de salmonelles d’origine non humaine. Un outil statistique d’analyse de séries temporelles a été développé pour analyser ces données de surveillance. Il permet de détecter précocement des augmentations inhabituelles de la présence de certains sérovars aux niveau national, régional ou encore dans une filière spécifique, susceptible de présenter un risque pour le consommateur. Le couplage de cette approche statistique et de l’analyse génomique des souches permet de caractériser finement ces évènements inhabituels d’un point de vue épidémiologique. Cet article décrit un exemple de cette approche combinée déployée suite à l’augmentation inhabituelle de la détection de Salmonella Goldcoast au cours de la période 2018-2019 en France. Les analyses épidémiologiques et génomiques ont mis en évidence un cluster majoritaire lié à la filière avicole.

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