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Développement de marqueurs microsatellites chez le peuplier à partir de bases de données EST
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Edité par CCSD -
National audience. L'objectif des programmes de sélection chez les peupliers est de pouvoir combiner dans un hybride interspécifique des caractéristiques de vigueur, de qualité du bois et de résistance durable aux divers parasites. Mais certains tests sont longs et coûteux et de nombreux caractères sont à déterminisme complexe. L'utilisation de marqueurs moléculaires permettrait de comprendre dans un premier temps les bases génétiques des différents caractères et de mettre en place une Sélection Assistée par Marqueurs (ou SAM) accélérant ainsi la création de génotypes combinant les différentes caractéristiques. C'est dans cette optique qu'a été entrepris la construction de cartes génétiques du peuplier à l'INRA d'Orléans à partir d'une famille de plein-frères comprenant 342 génotypes issus d'un croisement entre Populus deltoïdes et P. trichocarpa, et de marqueurs moléculaires, principalement de type AFLP et RAPD. Plusieurs QTL intervenant dans la variation de caractères comme la résistance et la tolérance aux rouilles, la croissance, la qualité du bois et l'efficience en eau ont été localisés. Toutefois, la nécessité de saturer la carte génétique du peuplier en utilisant des marqueurs moléculaires plus informatifs est apparue comme un préalable au développement de la sélection assistée par marqueurs. De nombreuses bases de données de séquences sont disponibles actuellement pour le peuplier (Expressed Sequence Tags (EST), séquence du génome) et constituent une source d'information pour le développement de marqueurs moléculaires. Nous avons donc choisi de rechercher des séquences répétées dans les séquences EST appartenant au genre Populus en utilisant les outils GCG et la base de données de séquences GeneBank. Un total de 106 566 EST de peuplier a été extrait de cette banque. Parmi elles, 1408 contenaient une ou plusieurs séquences répétées, mais 40% de ces séquences étaient redondantes et ont donc été éliminées. Un sous-ensemble de 103 des séquences a été employé pour la création d'amorces PCR afin de révéler des marqueurs microsatellites. Elles ont été testées en laboratoire sur l'ADN des parents de notre famille de cartographie. Plus de 60% des couples d'amorces testés amplifient chez au moins l'un des deux parents. Les tests de polymorphisme et de ségrégation ont été menés à l'aide de 52 couples d'amorces. Sur ces derniers, 16 marqueurs présentaient une ségrégation de type 1 : 1, et ont été cartographiés. Ils ont permis de compléter des groupes de liaison et de constituer des ponts alléliques entre les cartes mâle et femelle. Ces premiers résultats permettent d'évaluer qu'à partir des 1408 EST initiaux contenant une ou plusieurs séquences répétées, nous avons potentiellement 124 nouveaux marqueurs microsatellites.
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