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Un outil moléculaire basé sur le séquençage haut débit pour caractériser les Fusarium sur céréales
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Ce numéro comprend les articles issus du colloque de restitution Ecophyto Recherche « Des outils et des dispositifs pour éclairer les décisions, explorer les possibles et accompagner la transition vers des systèmes économes et multi-performants », qui s’est tenu à Saint-Malo, du 22 au 24 mars 2017. Fusarium head blight is a major cereal disease caused by a complex of Fusarium species reducing grainyield and quality. In addition, some Fusarium species produce mycotoxins, toxic secondary metabolites,which accumulates in the grains and are a major health and food safety concern due to their toxicity tohumans and animals. A new tool was developed for the assessment of the global Fusarium diversity infield samples by analysing barcode sequences generated by high throughput sequencing. This approachmay be used to show changes in the composition of the Fusarium complex or detect the emergence ofnew Fusarium species. . La fusariose est une maladie des céréales causée par un complexe d’espèces du genre Fusarium. Elleprovoque une baisse du rendement et de la qualité technologique des grains. Certaines espèces deFusarium produisent des mycotoxines, métabolites secondaires toxiques, qui s’accumulent dans lesgrains et sont transmises le long de la chaîne de transformation agro-alimentaire. Un outil innovant a étédéveloppé permettant de dresser un inventaire exhaustif des espèces de Fusarium présentes dans deséchantillons de céréales par l’analyse de séquences barcodes générées par séquençage haut débit.Cette approche devra permettre de détecter et gérer plus efficacement les émergences d’espèces deFusarium ou toute modification de la diversité du complexe Fusarium.
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