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Orbivirus : situation épidémiologique exceptionnelle en France en 2023, intérêt du séquençage de génomes viraux dans un contexte épizootique
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Edité par CCSD -
International audience. La fièvre catarrhale ovine (FCO) et la maladie hémorragique épizootique (MHE) sont deux maladies transmises aux ruminants via la morsure de Culicoides et à déclaration obligatoire auprès del’Organisation mondiale de la santé animale. Les virus en cause, le « Bluetongue virus » (BTV) et le « Epizootic hemorrhagic disease virus » (EHDV), appartiennent au genre Orbivirus et possèdent un génome constitué de 10 segments d’ARN double brin. En France, deux épizooties importantes se sont déclenchées durant l’été 2023. D’une part, la MHE a fait son entrée sur le territoire, avec des premiers cas cliniques détectés chez des bovins dans le Sud Ouest. D’autre part, bien que les BTV-8 et BTV-4 soient considérés comme enzootiques en France, des cas cliniques notables de FCO ont été rapportés dans l’Aveyron, chez des ovins et bovins infectés par du BTV-8, suggérant une virulence anormalement accrue de la souche endémique.Un séquençage des génomes viraux a été mené à l’aide d’une approche SISPA et de la technologie MinION d’Oxford Nanopore ,à partir d’échantillons de sang issus d’animaux infectés et de souches isolées en laboratoire dans le cadre des activités de diagnostic du laboratoire de référence de l’Anses. Les séquences génomiques d’EHDV-8 sont quasi-identiques aux séquences des souches ayant circulé en Sardaigne et Tunisie. L’analyse des génomes BTV-8 a mis en évidence la circulation de deux souches distinctes : la souche BTV-8 enzootique et une nouvelle souche, responsable des signes cliniques chez les ruminants domestiques et dont l’origine demeure inconnue.Le séquençage de génomes viraux, notamment à partir d’échantillons de sang, permet une identification rapide des génotypes circulants dans un contexte épizootique. Le caractère exceptionnel des épizooties à MHE et FCO en France en 2023 souligne le besoin de recherches épidémiologiques et génomiques permettant d’identifier les facteurs impliqués dans ces émergences.
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