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Identification phylogéographique des routes de diffusion du virus de la fièvre aphteuse de topotype O/EA-3 en Afrique et en Asie Orientale de 1974 à 2019
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Edité par CCSD -
International audience. La fièvre aphteuse (FA) ou Foot-and-mouth disease (FMD) impacte l'industrie du bétail et le développement socio-économique de nombreux pays sur le continent Africain. Le succès des programmes de prévention et de lutte contre la FA dans cette région repose avant tout sur la compréhension des dynamiques de diffusion du virus de la FA (ou FMDV). A la lumière des dernières épidémies de FA ayant touché les pays du Nord-Ouest de l'Afrique en 2018 et 2019 et impliquant le topotype O/East-Africa-3 (O/EA-3), nous avons analysé un total de 545 séquences génomiques de FMDV O/EA-3 codant pour la protéine de capside VP1 provenant d'échantillons de terrain collectés dans 25 pays d'Afrique et d'Asie Orientale entre 1974 et 2019. Ces analyses incluent les virus O/EA-3 ayant provoqué les épidémies récentes en Egypte (2016-2018) et au Nord-Ouest de l'Afrique (2018-2019). En utilisant un modèle phylogéographique Bayésien ajusté sur les données génomiques et épidémiologiques, nous avons inféré les taux de migrations entre différents pays ou régions du continent Africain pour le topotype O/EA-3 du FMDV. Nous avons inféré un taux de substitution de 6.64 10-3 nt/site/an et estimé que l'ancêtre commun le plus récent (MRCA) circulait entre février 1967 et novembre 1973 au Yemen, une localisation jamais rapportée auparavant. Le modèle a prédit la première introduction de ce topotype du FMDV sur le continent Africain du Yemen vers l'Est de l'Afrique dès 1974. Nos résultats appuient également le rôle du Soudan précédemment décrit comme source majeure de diffusion du FMDV. Nous avons notamment identifié une première route de migration vers le Nord-Est de l'Afrique, Israël et les territoires Palestiniens mais également une seconde route vers le Nigeria, le Cameroun, l'Ouest et le Nord-Ouest de l'Afrique. Nos résultats prônent la nécessité de renforcer les collaborations inter-régionales à l'échelle de l'Afrique et de l'Asie Orientale le long des routes de migrations identifiées pour la surveillance et la lutte contre la fièvre aphteuse dans ces régions endémiques.
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