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Characterizations of H2S positive and negative strains of Shewanella baltica isolated from spoiled whiting (Merlangius merlangus)
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Edité par CCSD -
International audience. Shewanella putrefaciens a été décrite comme la flore spécifique d’altération du poisson frais conservé sous glace fondante. Loin d’être une flore unique S. putrefaciens est en réalité un groupe bactérien subdivisé en quatre sous-groupes. Dans la plupart des cas, le processus d’isolement des souches du genre Shewanella utilise la capacité à produire du sulfure d’hydrogène sur des géloses au fer.Quatre souches de Shewanellaceae ont été isolées suivant des critères phénotypiques à partir d’un merlan altéré (Merlangius merlangus). L’ensemble des souches était à la fois ca-pable de se développer en aérobiose entre 4 et 30°C et en anaérobiose à 25°C en présence d’oxyde de triméthylamine (OTMA) L’odeur caractéristique de la triméthylamine (TMA), pro-duit de dégradation de l’OTMA, a pu être constatée après les croissances en anaérobiose.La caractérisation biochimique n’a pas conduit à l’identification des souches bactériennes mais a permis de voir qu’une des souches était incapable de produire du sulfure d’hydrogène. Deux souches ont synthétisé une ornithine décarboxylase faisant d’elles de potentielles productrices de putrescine. Les résultats concernant la consommation de sources de carbone a mis en évidence des profils différents en fonction des souches.La caractérisation génotypique grâce au séquençage de l’ARNr 16S et du gène gyrB a con-duit à identifier les souches comme appartenant à l’espèce Shewanella baltica. En compa-rant les deux approches, l’utilisation des séquences de gyrB a permis une meilleure discrimi-nation des souches.La caractérisation protéomique des souches a été réalisée à l’aide d’un analyseur MALDI-TOF Microflex LT (Brüker, France). Cette étape a permis de confirmer l’appartenance des quatre souches à l’espèce S. baltica.L’ensemble de ces travaux suggère que la production d’H2S pourrait ne pas être la méthode la plus appropriée pour cribler des espèces de Shewanella ou pour suivre le développement de la flore d’altération.
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